開基は権誉利俊、創立は正徳年間（1710年代）。安政6年（1859）二代貞運の時正法庵設立。三代貞善の時観音堂と呼称。大正10年現在の名に改称。

縁起によれば行基菩薩北陸巡化の折、白石の地で霊木を以って持蓮華観世音菩薩像を彫刻し一宇を建立、持蓮山正法寺と称した。霊験あらたかな仏として信仰を集め七堂伽藍を築いて一大聖地となった。隣郷の願海寺城主寺崎播磨守盛永は菩提所とした。程なく建武の乱（1310年代）興り願海寺城と同時に焼き払われた。その後里の人々が小川の中で夜な夜な貴声有るを恐れおののいて居た処、この地を通られた念仏の行者了阿上人この話を聞き確かめると、普門品のお経の声であった。早速小川を探したら観音菩薩の尊像が現れ給い、これが現在のご本尊である。

また観音寺境内に宝筺印塔の一部分と見られる石塔がある。これは白石町内に「伽藍堂」という小宇があり、小杉より下村に行く県道の南側の町内入口辺の西50m付近が伽藍堂という地名で、昭和26年の県道改修の折に出土した石塔の一部を観音寺境内に安置したものである。