開基は1600年以前、現在の地には元和3年に移転された。ここは、かつての丸岡城（余部城）跡で、城主福井因幡守貞政が、明智光秀の丹波攻略の際、最後まで城を明け渡すまいと激戦が繰り広げられた地である。
しかし惜しくも落城。そこで供養の為西岸寺が移転された。
現在でも、城の一部である「石のすべり台」が残っている。
その他、「薬師堂」（市文化財）がある。境内からは市内を一望できる。