建久二年（1191）三月に法然上人59歳の折、飛鳥の里を訪ねられ、現在当寺の存在する地で三日間滞在され、聖徳太子誕生所である橘寺にも参詣された。そして記念のために草庵を結び置かれたが、後世世俗がその大徳を仰ぎ慕って堂宇を建立した。その後慶長五年（1600）、寛永七年（1630）、文化十二年（1815）の再建を経る。

清滝月輪寺に移る以前の円光大師（法然上人）25霊場の第18番霊場であったことを証す「月かげの歌」の扁額が当寺に残されている。