寺伝によれば、平重盛が深く法然上人に帰依し檀那となり、上人の弟子、西仙房心寂を招いて、治承元年（1177）に神崎川河口の長洲の地に創建したと伝えられている。創建から2年後に重盛が亡くなり、朝廷より当寺をその菩提所とされた。その際、特に丹塗りの山門を許されたので、現在も寺門に朱を施し、通称「赤門の寺」と呼ばれている。なお、現存する平安期作の木造阿弥陀如来坐像と十一面観音菩薩立像が、開基伝来の仏像であると思われる。
やがて戦国期の天正8年（1580）頃、天譽滴翆意山夋公が中興し、専念寺の寺号を知恩院２８世浩譽聰補上人より賜った。天譽はさらに天正11年（1583）に大坂に聚松山専念寺（大阪教区天満組№150）を建立し、転住した。
　2世大譽代の元和4年（1618）頃、尼崎藩主戸田氏鉄による尼崎城下町建設に際し、東長洲村の旧地より現在地へと移転し、尼崎寺町寺院群の最西端に堂宇を構えている。尚、江戸期は、知恩院末である。
　本尊の阿弥陀如来立像のほか、善導大師・法然上人坐像、西国三十三所観音像、日限延命地蔵坐像等（いずれも木造）、石造地蔵菩薩立像等多くの仏像がある。