文明年間（1469～1486）に小村家十代が、現在地より100ｍほど東南の地に建立したのが始まりです。その時は小村家の私寺のような状態であったろうと考えられます。その後、1562（永禄五）年に神門寺（出雲市塩冶町）の前住職の69世心誉玄休上人を住職として迎えました。極楽寺ではこの心誉上人を
開山上人としています。その後、1684（万治元）年、平田の豪商儀満家の墓地であった現在地に移りました。（平田の開拓者小村家の記録による）