開山は、木蓮社転誉上人法輪覚阿、44代元正帝の世、町内野口の里より玖の玉、珂の玉が出現したので、養老5年（721）熊毛郡を分けて玖珂郡を置いた。 この2玉を当山に有った霊泉で磨いたので清玖山宝珠院と名づけられた。創建は天平宝字4年（760）【一説には神亀（724〜）年間とも】で文禄3年（1594）2月、今の地に移転、初めは、天台宗であったが中世浄土宗となった。当山文書「上古記」によれば、光明皇后の願により聖武天皇創建、悲田施薬の両院を置いたとあり、その名残か今も、山門を入って右に薬師堂が残されている。