当院は当初浄土寺といわれ、1468年(応仁2年)に真誉玄智上人により開かれました。1613年(慶長18年)に毛利輝元(元就の孫)より、三浦元忠 公は、兵庫頭と性乾院の法名を授かり、以後寺号を性乾院としました。1658年(万治元年)12月に類焼し、1664年(寛文4年)に再建されました。 1871年(明治4年)蓮台院・医王寺・長盛寺を統合、現在の性乾院となりました。