当寺の前身は月松院という禅寺で、宝治元年（1247）建立と伝えられている。この寺は片山という所にあり、他に真言宗の弘西寺・永福寺の2ヶ寺があったが、弘西寺から出火して3ヶ寺ともに焼失した。
その後、月松院のみ再興し、吉祥寺と寺号を改めた。
寛永年間（1624〜43）慶作住職代に、浄土宗僧休玄が渡来し親交があり、その縁により寛永14年（1637）に慶作は休玄に寺を譲った。それより浄土宗となったので休玄を開山とする。
慶安年間（1648〜51）、三世円達代に今の地に移り堂宇を建立した。