郡金山 養林院 西願寺は、文明弐年(1470)遵蓮社願誉栄海上人を開基として創建された勅願寺で、開山栄海上人は後小松天皇の後裔と伝えられ、永享弐年(1456)御所より鬼門の方角にあたる北国に一宇建立の勅命を受け、当地に皇室隆興の祈願所として建立されました。
文亀弐年(1502)には後柏原天皇の御宸筆「西願寺」の勅額を拝領しましたが、焼失して残っていません。
栄海上人は当国に八ケ寺を建立し、西願寺をその本寺と定め広く布教に努め、永正弐年(1505)三月六日、七十七歳をもって入寂されました。

文禄年間に第四世円誉教山上人は、御所に参内を遂げ、赤門建立の勅許を得て以来赤門を建立しました。また文禄四年(1595)第五世円誉通玄上人は御所に参内を遂げ、後陽成天皇の御宸筆「西願寺」の竪額を拝領し、現在では寺宝とされています。

明治十一年九月、明治天皇は北陸巡幸の際に、勅額、添書、並びに由緒書を御天覧になりました。
富山県呉東地区で構成する新西国三十三所観音霊場の第十八番札所、また越中国法然上人二十五霊場の第六番札所でもあり、現在教誉善政まで三十代法灯を相続しております。