当寺は、泉州日根郡安松村における正統念佛道場として、戦国期の天正元年（1573年/安土桃山時代初頭）、純譽惠慶（じゅんよえけい）上人［佐野村 上善寺第三世、中庄村 大光寺追贈第二世］によって開創された。
大坂夏の陣（1615年/樫井合戦）では、安松村を襲った戦火（焼払い）と共に、当初の伽藍はその殆どが焼失した。
江戸時代初期に出られた、当寺第四世・定譽源量（じょうよげんりょう）上人の再興によって、淨蓮寺の伝統が護られている。
江戸中期には大々的な中興が展開され、当寺第九世・單世冏哲（たんよげいてつ）上人は、本堂の建立と惠信僧都（『往生要集』を著した平安時代の高僧）の御作と伝わる阿弥陀如来像（現本尊）の奉安に尽力。
次の当寺第十世・遍譽祖公（へんよそこう）上人は、本尊脇侍に観世音菩薩・大勢至菩薩像を奉安（阿弥陀三尊の完成）。又、山門・鐘楼堂の建立を成し遂げ、現在の寺観を整えた。
時代の変遷と共に老朽化が進み、近年には諸建築物の造営・荘厳等が整備され、檀信徒の篤い護寺に支えられる中、開山以来四百五十年の法灯を伝持しています。