山口県風土史によると天正年間の創建である。当時大内氏の遺臣が当山中で得た薬師像を草庵に祀り当地域を開拓しながら薬師院と称したのに始まる。後玄醐座元禅師が開基として止住し、東照寺と改称していた。元和2年に東林山医王寺と改め寺号を免許された。 8世入西をもって中興とし、太平洋戦争中仏具まで供出されていたが戦後25世雄誉秀仁代に梵鐘を再鋳し、寺の建物も明治初期に火災で本堂焼失、以来古い家屋を改造して建てられていたが、26世喜誉良秀代に新たに本堂庫裡を再建し医王寺の発展と共に地域文化の向上の中心となって今日に至る。